一、关于工资关系不在本单位人员的工资套改问题
工作人员工资关系不在本单位的，应先转工资关系再进行工资套改，或由工资关系所在单位进行工资套改。
二、关于一级专业技术岗位问题
除中国科学院、中国工程院院士外，其他为国家做出重大贡献的一流人才，拟执行一级专业技术岗位工资标准的，待国家和院相关规定出台后，再另行申报。
三、关于超职数聘用研究员的问题
1.研究所自行聘用的项目研究员、特聘研究员以及超过院下达研究员控制职数聘用的研究员，不能按照研究员岗位套改工资。
2.2006年7月1日前，年满60周岁的两院院士，参加工资套改，可不占研究员职数。2006年7月1日前，年满60周岁的全国人大代表、政协委员、国务院参事及省、自治区、直辖市人大、政协常委、参事，参加工资套改，可不占研究员职数，不担任上述职务时，核消研究员职数。
3.符合国家、院有关规定，经单位批准，未办理退休手续，2006年7月1日已满60周岁的研究员，占单位研究员职数。
4.1998年创新工程以前评聘的研究员，未进创新岗位的，原则上可按研究员套改工资，并按自然减员逐年核消研究员职数。
四、关于任职年限计算问题
1.事业单位工作人员工资套改时的任职年限，是指从聘用到现岗位当年起计算的年限(只适用这次工资制度改革)。例如：1996年聘用的人员，如实际聘任时间没有间断，任职年限为11年(2006-1996＋1)。
2.事业单位工作人员工资套改时，试用期、学徒期不计算任职年限。从聘用当年起计算任职年限。例如：2003年7月大学本科毕业，试用期一年，2004年7月定级，任职时间为3年。
3.工作人员工资套改时，在相同等级岗位的任职年限可合并计算。例如：工程师被聘为助理研究员，其工程师与助理研究员的任职年限可合并计算。
4.工作人员在专业技术、管理、工勤岗位之间的任职年限不能合并计算。例如：副研究员任职4年后任处长5年，工资执行副研究员标准的：按处长岗位套改，任职年限为5年；如按副研究员岗位套改，任职时间为9年。
5.同岗位系列由较高等级岗位聘用到较低等级岗位的工作人员，如按较低岗位套改，可将原聘岗位与现聘岗位的任职年限合并计算。例如：任处长1年后任副处长9年，按副处长岗位套改，任职年限可合并计算为10年。
五、关于套改年限计算问题
套改年限是指工作年限与不计算工龄的在校学习时间合并计算的年限。
1.工作年限：从参加工作当年到2006年计算工龄的工作时间(2006-参加工作年份＋1)。
2.工作人员考核不合格、不计考核等次的年限，不计算为套改年限。不计考核等次的年限，是指连续两个基本合格未升级的年限。
3.按照国家和院有关文件规定折算的工龄，不计算为套改年限。
4.双学士、双硕士、大学专科以上肄业生未计算工龄的学习年限均可计算为套改年限。
六、关于部分人员高定工资档次的问题
被授予省部级以上劳模和先进工作者荣誉称号，仍保持荣誉的，且1993年工资制度改革以来按国家规定高定了工资档次，仍保持荣誉的，原高定一个职务工资档次的，薪级工资高定1级；原高定两个职务工资档次的，薪级工资高定2级。由人事部、中国科学院选拔的有突出贡献的中青年科学、技术、管理专家，这次工资套改时，原高定一个职务工资档次的，薪级工资高定1级；原高定两个职务工资档次的，薪级工资高定2级。因同一事迹同时获得多个荣誉称号的，不得重复高定档次或薪级。此类人员须报院审批后执行。
例如：获国家级先进工作者原高定两级工资，同时获院先进工作者高定一级工资，属于同一事迹，此次套改只能高定2级薪级工资，不能累加计算。但获国家级先进工作者原高定两级工资，因国家突出贡献专家又高定两级工资的，此次工资套改可累加计算，可高套4级薪级工资。
七、关于项目聘用人员工资套改问题
2006年6月30日前与单位签订了项目聘用合同(已纳入ARP系统管理的人员)，实行人事代理，人事和工资关系在本单位的项目聘用人员参加此次工资套改，按照所聘岗位执行相应的岗位工资，薪级工资按照套改办法进行套改。项目聘用人员原管理办法不变。
八、关于差额或自收自支事业单位津贴比例高出30%部分的处理
这次套改增资，原工资构成中津贴比例统一按30%计算，津贴比例高出30%的部分，套改后纳入单位绩效工资总量，可继续发放，退休时不再作为工资基数计发退休费。
例如：某工作人员任副研究员6年，套改年限22年，职务工资为729元，40%标准津贴为486元(30%津贴为312元)。套改后薪级工资为555元，岗位工资为930元。实际增资为：1485-729/0.7=444元。原工资中高出30%津贴部分(174元)，暂放入绩效津贴发放。该职工退休时，174元不作为计算退休费基数。
九、关于浮动及固定工资的处理问题
这次工资收入分配制度改革后，国家规定的浮动及固定工资政策继续执行。在工资套改时，符合上述规定的工作人员可适当高定薪级工资，最多不超过两个薪级，报院审定后执行。
十、关于军队转业干部工资套改问题
军队转业干部按本人现聘岗位(职务)套改岗位工资和薪级工资。如现聘岗位低于转业时部队原职务的，根据其现执行工资待遇对应的岗位套改工资。套改工资后，原工资高出部分不予保留。
十一、关于回国(来华)定居专家生活补贴计发问题
符合《关于来华定居工作专家工作安排及待遇等问题规定的通知》(国办发〔1994〕102号)文件规定，享受回国(来华)定居专家生活补贴的人员，其生活补贴按照岗位工资的120%计发。
十二、关于合同制工人13%的工资性补贴问题
院已明确规定，取消合同制工人13%的工资性补贴，部分单位仍执行的，此次工资套改后，应全部取消。
十三、关于离岗安置人员工资套改问题
按《中国科学院知识创新工程试点全面推进阶段全员岗位聘任制试行办法》(科发人教字〔2001〕137号)文件规定，办理离岗安置手续的人员，此次工资套改按离岗时执行的职务(技术等级)工资对应的岗位，套改岗位工资和薪级工资。离岗安置生活费可按离岗安置时与单位约定执行，也可按套改后的岗位工资和薪级工资的一定比例发放。
十四、关于长期病休人员工资套改问题
按照病休前职务(技术等级)工资对应的岗位，执行相应的岗位工资标准；薪级工资套改年限，按照研究所现有规定执行。上述人员工资套改后，待遇仍按研究所现有规定执行。
十五、关于待岗人员工资套改问题
按照待岗前职务(技术等级)工资对应的岗位，确定相应的岗位工资标准；待岗人员套改薪级时，待岗期间不计算套改年限和任职年限。待岗人员待岗期间的待遇仍按照各单位现规定执行。
十六、关于1993年工改后受行政纪律处分工作人员工资套改问题
1993年工资制度改革以来，事业单位工作人员受行政降职或撤职处分的，原则上按新聘岗位套改工资，薪级工资低定1-2级。事业单位工作人员受开除留用察看处分的，按现聘岗位套改工资，薪级工资低定3级，如降低后的薪级工资低于所聘岗位起点薪级工资的，执行所聘岗位起点薪级工资。
十七、关于1993年工改后受行政刑事处罚的工作人员工资套改问题
1993年工资改革以来受行政刑事处罚的人员，处罚期满被事业单位聘用后，岗位工资按现聘岗位确定，薪级工资适当低定，按照各省、自治区、直辖市人民政府规定执行。
十八、关于正在接受立案或停职审查的工作人员工资套改
正在接受立案或停职审查的事业单位工作人员，暂缓套改工资，待审查结束作出结论后，再按照有关规定办理。
十九、关于部分保留原待遇人员的工资待遇问题
对符合《中国科学院关于实行岗位聘用制有关工资待遇的暂行规定》(科发人教字〔2004〕47号)文件规定，1998年12月31日前已在原岗位工作，1998年以后受聘到较低岗位工作的人员，以及在原岗位聘任满5年，距法定退休年龄不足5年且符合订立聘用至退休合同条件的人员，可按执行的职务(技术等级)工资对应的岗位进行工资套改，其他待遇仍按科发人教字〔2004〕47号文件继续执行。
二十、关于工作人员正常升级问题
工作人员当年工作满9个月以上，参加年度考核，考核合格者，从第二年的1月1日起，增加1级薪级工资。年度考核基本合格和不合格的，不增加薪级工资。
二十一、关于调动工作人员基本工资确定问题
从国家机关或企业调入的人员，按照所聘岗位确定岗位工资，比照同条件人员确定薪级工资。
二十二、关于未参加岗位分级办理了退休手续的专业技术人员，计发退休费问题
2006年7月1日至本单位完成岗位设置期间退休的专业技术人员，先按照套改的基本工资计发退休费。对符合所对应专业技术职务岗位中较高级别岗位聘用基本条件的，须经本单位岗位聘用委员会确认后，再按较高岗位级别基本工资重新计发退休费。
二十三、文革前担任副局级的离休干部和1937年7月6日前参加革命工作的离休干部增加离休费问题
文革前担任副局级的离休干部和1937年7月6日前参加革命工作的离休干部，按照正局级增加离休费。
二十四、关于按国家有关规定享受原工资100%退休费的退休人员增加退休费问题
按国发〔1986〕26号、中办发〔1985〕67号、厅字〔1985〕340号、劳人薪〔1985〕22号享受原工资100%退休费的退休老专家、起义人员，可按同职务离休人员增加离休费标准增加退休费。
按劳人险〔1983〕3号文件规定，建国前参加工作，享受原工资100%退休费的老工人，按350元/月增加退休费。
二十五、关于退职、退养及1955年以前入伍老女兵增加生活费问题
退职人员按照180元/月增加生活费；经院批准办理了“退养”(特指1971年以前院批准的退养人员)和“1955年以前入伍的老女兵”，按照180元/月增加生活费。
二十六、关于离退休人员增加离退休费问题
离退休人员增加离退休费标准，按照离退休时计算离退休费的职务工资所对应的职务执行。对1993年工改后已经选择过职务的离退休人员，按选择的职务增加离退休费。
二十七、关于离休人员增发1-2个月生活补贴基数问题
按照国发〔1982〕62号文件规定享受1至2个月的生活补贴的离休干部，这次工资制度改革增加的离休费，列入计发1至2个月生活补贴基数。
二十八、当年退休人员退休费计发问题
工作人员办理退休手续时，当年工作满9个月以上，参加年度考核且考核合格者，退休时可增加1级薪级工资办理退休手续。
二十九、关于提高中小学教师和护士基本工资标准的问题
中小学教师和护士(指在医院或纳入地方医疗统筹定点医疗机构)的人员，岗位工资和薪级工资标准提高10%，提高10%的部分，退休时可作为工资基数计发退休费。该类人员岗位(职务)变动时，其提高10%部分应予以取消。
三十、关于工资制度改革后获奖人员提高退休费比例问题
获国家、省部级以上成果奖励、国家和省部级先进工作者、劳动模范荣誉称号等人员提高离退休费比例，按国家、地方有关文件和《颁发中国科学院〈关于科技人员离休退休问题的补充规定〉的通知》(〔86〕科发干字0758号)的有关规定执行。如地方标准高于我院标准的，可参照执行，但不得累加，最高不得超过本人基本工资的100%。从2006年7月1日起执行。
三十一、关于五级及以上职员退休时提高退休费比例问题
五级及以上的职员，工作满三十年以上，可继续执行退休时提高5%退休费比例的规定，最高不得超过本人工资的100%。
三十二、关于工作人员办理退职手续的问题
事业单位工作人员办理退职手续，必须符合国发〔1978〕104号文件中的规定。
三十三、关于博士后人员确定工资待遇的问题
博士后研究人员在站期间岗位工资按照所聘岗位确定；薪级工资第一站执行十六级薪级工资标准，第二站执行十八级薪级工资标准。博士后人员按照在职人员进行年度考核，考核合格，每年晋升一级薪级工资，从第二年1月1日起执行。
博士后人员出站，被聘到事业单位后，各设站单位应将其在站期间岗位工资、薪级工资及考核情况介绍到接收单位。在明确岗位前，执行在站期间的工资标准；明确岗位后，按所聘岗位执行相应岗位工资，薪级工资按照以下办法确定：被聘用在专业技术岗位，原薪级工资低于所聘岗位起点薪级工资的，执行起点薪级工资标准，原薪级达到所聘岗位起点薪级工资的，薪级工资不变；聘用在管理岗位的，薪级工资比照同等条件人员重新确定。
博士后人员在站时间不满21个月或中途退站、自动离站的，发生在第一站的，工资待遇按照博士生确定，发生在第二站的，按照第一站博士后出站人员对待，以此类推。
三十四、已出站博士后薪级工资套改问题
博士后出站工作人员，薪级工资套改低于16级的，按照16级执行。
三十五、高等院校、中小学、幼教工作人员工资改革有关问题
高等院校、中小学、幼教工作人员工资套改，按照《高等学校、中小学、中等职业学校贯彻〈事业单位工作人员收入分配制度改革方案〉三个实施意见》(国人部发〔2006〕113号)文件执行。
三十六、工作人员在艰苦台站工作期间的待遇
工作人员在艰苦台站工作期间，可参照人事部、财政部《关于印发〈完善艰苦边远地区津贴制度实施方案〉的通知》(国人部发〔2006〕61号)的有关规定执行。
三十七、关于经费和工资总额问题
此次工作人员工资套改增资和离退休人员增加的离退休费，院按中央财政下拨给院的标准核拨给各单位。工资总额按院核定增资额执行。
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